El Museo de Historia Natural fue inaugurado oficialmente el 5 de octubre de 1933 y está instalado en el Palacio de S. Pedro, en Funchal, una de las obras más significativas de la arquitectura civil portuguesa, de mediados del siglo XVIII, ordenada construir por la familia Carvalhal.
Tras su compra por el Ayuntamiento de Funchal, el 19 de septiembre de 1929, se instalaron las siguientes instituciones: la Biblioteca Municipal de Funchal, el Museo Regional de Madeira y el Archivo Regional de Madeira.
En la actualidad solo funciona en este edificio el Museo de Historia Natural de Funchal, su Biblioteca Científica y el Acuario Municipal. El Jardín de Plantas Aromáticas y Medicinales también forma parte de este edificio.
Las colecciones de estudio del Museo ascienden en la actualidad a más de 41 166 ejemplares, en concreto especies de peces, aves, mamíferos terrestres y marinos, reptiles marinos, insectos y otros invertebrados, plantas y una representativa colección de rocas y minerales del archipiélago, así como fósiles marinos de Porto Santo.
El Acuario Municipal, situado en la planta baja del Palacio de San Pedro, posee quince tanques de exposición, en los cuales se encuentran representados los elementos más importantes de la fauna marina costera de Madeira. Este espacio se encuentra temporalmente cerrado por obras de remodelación..
A lo largo de los 560 m2 del Jardín de Plantas Aromáticas y Medicinales, el visitante podrá observar algunas decenas de plantas medicinales y aromáticas, así como plantas autóctonas y endémicas del archipiélago.